第二次小泉改造内閣が九月二十七日、発足した。義務教育費国庫負担金廃止問題など教育の根本にかかわる問題を抱える文部科学大臣には文部省時代に政務次官の経歴を持つ中山成彬・衆議院議員が就任した。就任時の記者会見では、河村建夫・前大臣と同様、義務教育は国の責務であることや、そのあり方については十八年度末までに検討することを文部科学、総務、財務の三大臣合意で確認していることなどを強調した。中山大臣は元大蔵省官僚で宮崎県の出身。三位一体改革では私立高校等に対する国庫補助の廃止も検討されており、私学団体は新大臣にも国の私学助成の必要性・重要性を訴えていく考え。三位一体の改革など今後の予算編成方針を決める経済財政諮問会議(首相の諮問機関)のメンバーである麻生太郎総務大臣、谷垣禎一財務大臣、細田博之官房長官、竹中平蔵・内閣府特命担当大臣（経済財政政策等）、中川昭一・経済産業大臣の五閣僚は揃って留任した。また九月二十九日には各省庁の副大臣も決まった。文部科学副大臣には、埼玉県議会議長などを経て中央政界入りした小島敏男・衆議院議員と、与党・自由民主党の文部科学部会長の塩谷立・衆議院議員が就任した。大臣政務官や与党文教関係人事も順次決定される。