構造改革特区制度により三重県伊賀市が認定地方公共団体となって設立された株式会社立広域通信制高校・ウィッツ青山学園高校による不適切な学校運営等の問題を受けて、政府は１月２７日、「構造改革特別区域基本方針」の別表１において、株式会社立学校を指導監督する立場の認定地方公共団体に適切な指導監督体制の確保等を義務付ける項目を追加するなどの改正を行った。 　「構造改革特別区域基本方針」は平成１５年１月に閣議決定されているが、今回のような大きな改正は初めて。追加された項目では、認定地方公共団体が適切な指導監督体制を確保するため、（１）学校設置会社の設置する学校の種類に応じた教育に関し専門的な知識および経験を有する職員を配置することか、（２）当該構造改革特区を管轄する都道府県との間に学校設置会社による学校設置事業に対する指導監督についての指導、助言、その他の援助に関する協定を文書により締結することのいずれかを求めている。ただし大学及び高専を設置する場合は除外する。 　これまでは認定地方公共団体となった市町村では基本的に高校教育を所管する部署はなく、担当職員数も少なく指導監督体制が脆弱といわれていた。そうしたことがウィッツ青山学園高校問題の遠因ともなっていた。 　また今回の改正では、特区事業に関わる認定地方公共団体の審議会の審議対象に認定地方公共団体の事務局体制等その指導監督全般を含めること、審議会の構成員に学校の種類に応じた教育の学識を有する者等を加えることも求めている。 　さらに地方公共団体が提出した認定計画に関して、認定地方公共団体の指導監督体制に関して上記（１）または（２）の要件が確保されていること、文部科学省令で定める基準に適合する施設及び設備またはこれらに要する資金並びに当該学校の経営に必要な財産を有すること、経営を担当する役員が学校経営に必要な知識または経験を有すること、経営担当役員が社会的信望を有すること―が確認されること等を、新たに文部科学大臣の同意の要件として定めている。